Como intuyo por lo que dices que has cambiado el disco duro, no voy a seguir por ese lado, aunque tiene toda la pinta.
Has comprobado el correcto funcionamiento de los cables que van de la placa al disco duro?
No es un problema común, pero unos cables defectuosos pueden volver loco al sistema operativo ya que la información no le llega en condiciones.
Si, suena muy raro, pero por probar a cambiar los cables no pasa nada.
Espero que lo soluciones y nos cuentes