Hola!
Vamos por partes

Normaalmente, los virus que se cogen hoy en día no van a infectar otros archivos como ocurría antes, sino que se suelen replicar creando nuevos archivos y ya está. Además, depende de lo que vayas a guardar, ya que los virus suelen ir en archivos EXE, SCR, DLL, y similares, no en AVI, JPG, y similares. Lo que puedes hacer es ponerte un buen antivirus en el PC (Te recomiendo el AVAST que es gratis) y un buen anti-SpyWare (Te recomiendo el AdAware). Grabas todo lo que necesites guardar en esos CDs y DVDs y luego les pasas el antivirus y el anti-SpyWare, así sabrás si los has grabado sin nada
Como le dije a Puce, lo mejor para lo segundo que comentas es el Norton Ghost, aunque es "de pago" supongo que alguien te lo podrá dejar o en su defecto un programa que lo EMULE (XD). Su uso es muy sencillo. Simplemente lo instalas, creas un disquete de arranque y la copia de seguridad. Para volcar la copia solo has de arrancar con el disquete y luego volcar la copia (creo que también se puede hacer un DVD autoarrancable)
Yo te recomiendo que instales lo básico y lo que no se suele actualizar: Windows, Office, los drivers necesarios y que funcionen (aunque salgan drivers nuevos, si te va bien el PC, mejor no actualizar). Y si quieres, un antivirus que luego solo hayas de actualizar las listas de virus. todo lo demás, divX, programillas y demás cosas no los suelo incluir en copias de esas; son fáciles de conseguir y se actualizan muy a menudo (y esos si que suele ser necesario renovarlos)
Finalmente, te recomiendo como dije en otro hilo, que hagas particiones de tu disco duro, te ahorrarás muchos quebraderos de cabeza con los virus y la fragmentación. Mira, para que te hagas una idea, así lo tengo yo:
C: Windows 20 GB para el S.O. y los programas
D: SWAP: 16 GB para el archivo de intercambio de Windows, los archivos temporales de toooodos los programas (Winrar, premiere, photoshop...) y temporales de Internet
E: Documentos: Redirecciono aquí "Mis Documentos" y guardo fotos de mi cámara, archivos, .... Vamos todo lo importante.
F: Video: 250GB para trastear con la captura de video y el PRemiere
G: Música 20 GB pues eso, para música
H: Almacen: 80 GB para cosas "poco importantes" o bajadas de internet
I: Intercambio 100 GB para programas de intercambio (todo legal, eh?)
C, D y E son un Raid en espejo para ganar en seguridad de datos, en caso de petar un disco duro no pierdo las fotos de mi cámara, que es lo más importante que guardo en mi PC)
Jejejej ¿a q tengo un huevo de particiones? Pues es comodísimo, siempre lo tengo todo a mano y sin liarse nada

Pero bien, cada uno se organiza como quiere.
Espero haberte ayudado.
Saludos!